JRAとは別組織となりますが、10ヵ所の競馬場単位でそれぞれ馬主協会があり、現在馬主登録を受けている方のうち、8割以上がいずれかの馬主協会に所属しています。協会の主な活動内容としては、馬主相互間の親睦を図ること、また馬主の立場から競走馬の生産・育成および中央競馬の運営等について関係各所に対し献策折衝を行うこと等があります。また、1961年には、全国の馬主協会を統括する機関として、各馬主協会の役員が集まり中央競馬馬主協会連合会（現：日本馬主協会連合会）が設立されました。なお、各馬主協会では独自の入会審査を行なっておりますので、詳細は下記の各馬主協会にお問い合わせください。