美浦・栗東両トレーニング・センターをはじめ、各競馬場には競走馬診療所を設置し、各種診療および装蹄に対応しています。両トレーニング・センターには、最新の検査機器と手術室を整備し、重症疾患にも対応できる体制を整えています。その費用については、全国統一の徴収基準に基づき調教師を経由して徴収します。

また、競馬の根幹である公正競馬に関する業務に従事し、獣医療の面から、出走馬に対する馬体検査や禁止薬物の管理等の業務を行っています。

さらに、競走馬が集団管理されているトレーニング・センターで伝染病の蔓延を予防するために消毒や予防接種等の各種防疫業務も行っていますが、中でも病原体の侵入を防ぐ上では入厩検疫が最も重要な業務であり、JRAの施設に入るためには、新入厩・再入厩に関わらず、この入厩検疫を受けなくてはなりません。

なお、本会診療所のほかに個人開業の獣医師もおり、JRAが承認した場合はトレーニング・センターや競馬場等のJRA施設内で診療業務を行っています。