1953年に、3歳馬によるハンデキャップの重賞競走「神戸盃」として創設されたのが本競走の前身で、阪神競馬場・芝2000メートルを舞台に行われた。その後、距離は幾度か変更されたが、レース名が現行の「神戸新聞杯」に改称された1972年以降、2006年まで芝2000メートルで行われた。また、負担重量も幾度か変更された後、2003年以降は馬齢重量で行われている。

1984年にグレード制が導入され本競走はGⅢに格付けされたが、1987年にGⅡへ格上げされた。また、1995年からレース名に（菊花賞トライアル）が付けられた。現在は3着までの馬に菊花賞の優先出走権が与えられている。2000年の番組改定により京都新聞杯が5月に移設されたことに伴い、関西圏で唯一の菊花賞トライアルとなったため、有力馬が本競走を秋の始動戦に選ぶようになった。その後、2006年の阪神競馬場の馬場改修により外回りコースが新設されたため、本競走は2007年から芝外回りコースの2400メートルを舞台に争われている。なお、京都競馬場と阪神競馬場の改修により2020年から2022年と2024年は中京競馬場・芝2200メートルで行われた。